Ten gevolge van de beschietingen vanaf de Grebbeberg van het Nederlandse leger op de stad Wageningen in mei 1940, ging ook de sjoel in vlammen op. En helaas ook het archief van de kille, dat in de gemeentekamer opgeborgen was. Van het gebouw stonden de zwartgeblakerde muren met resten van de ramen overeind: voor de kinderen van de nabijgelegen school een aantrekkelijke, maar zeer gevaarlijke speelplaats.

Gemeentewerken, die de handen vol had met puin ruimen, nam contact op met de politie, die op haar beurt het hoofd der school waarschuwde.

In enkele sobere regels staat dit te lezen in het dagrapport van de politie van woensdag 19 juni 1940. 

Voor de dienstdoende agent was de sjoel gewoon ‘de Jodenkerk’.

Kort daarna werd de ruïne gesloopt. De sjoel was verleden tijd geworden. Een enkele foto van het uitgebrande gebouw herinnert ons aan de meidagen van 1940.